การดูแลสุขอนามัยของอวัยวะเพศชายก็มีความสำคัญมากเท่าเทียมกับการดูแลสุขอนามัยของร่างกานโดยทั่วๆ ไป เพราะความสะอาดของอวัยวะส่วนนั้นย่อมเป็นการป้องกันปัญหาต่างๆ ที่จะเกิดขึ้นกับตัวเองและผู้หญิงคนที่เขารัก

ผู้ชายที่ขริบหนังหุ้มปลายอวัยวะจะสะอาดมากกว่าผู้ชายที่ไม่ได้ขริบหนังหุ้มปลายไม่มากก็น้อย แต่ผู้ชายที่ไม่ได้ขริบหนังหุ้มปลายและรักษาความสะอาดเป็นประจำสม่ำเสมอก็มีความสะอาดของอวัยวะส่วนนั้นเท่าเทียมกับผู้ชายที่ขริบหนังหุ้มปลายเช่นกัน

การทำความสะอาดประจำวัน
- ทุกครั้งที่อาบน้ำจะต้องปลิ้นหนังหุ้มปลายออกมา แล้วทำความสะอาดชำระคราบไคลที่หมักหมมอยู่ภายใต้หนังหุ้มปลายออก คราบไคลดังกล่าวมีคำเรียกหาว่า “ขี้เปียก “ เพราะเป็นขี้ไคลที่เปียกๆ และเป็นปัจจัยที่อาจก่อให้เกิดมะเร็งปากมดลูกได้
- ควรชำระล้างด้วยน้ำสะอาดเท่านั้น แต่ถ้าหมักหมม มีกลิ่นอาจจะใช้สบู่อ่อนๆ ด้วยก็ได้ หลังฟอกสบู่ควรล้างออกด้วยน้ำสะอาดจนหมด
- ทุกครั้งที่ถ่ายปัสสาวะควรถ่ายจนหมด อย่าให้หลงเหลือมาหยดในภายหลังเพราะอาจจะทำให้เกิดการหมักหมมได้ และเชิ้อแบททีเรียเจริญเติบโต

การทำความสะอาดภายหลังการมีเพสสัมพันธ์
- ทำเช่นเดียวกับการทำความสะอาดประจำวัน
- ในกรณีที่ใช้เจลหล่อลื่นช่วยในการมีเพศสัมพันธ์ หลังจากเสร็จกิจแล้วควรจะชะล้างเจลหล่อลื่น ออกให้หมดด้วยน้ำสะอาด โดยปกติควรจะใช้
เจลหล่อลื่นสูตรน้ำ เพราะทำความสะอาดและล้างออกได้ง่ายด้วยน้ำ ถ้าเป็นเจลหล่อลื่นที่มีน้ำมันเป็นพื้นฐานอาจจะทำให้เกิดการระคายเคืองได้
- ถ้ามีการสวมถุงยางอนามัยเพื่อการปลอดภัยของการมีเพศสัมพันธ์แล้ว ควรจะถอดออกในขณะที่อวัยวะเพศยังคงแข็งตัวอยู่ ด้วยการใช้กระดาษทิชชู่ห่อหุ้มเวลาถอดอย่าให้ถูกมือ เพราะมืออาจมีแผลได้ และควรจะไปชะล้างทำความสะอาดด้วนน้ำสะอาดทันที ซึ่งจะทำให้เจลหล่อลื่นที่เคลือบมากับถุงยางอนามัยหลุดออกไปได้ง่าย
- ถ้าจะให้ดี การทำความสะอาดอวัยวะเพศก่อนมีเพศสัมพันธ์ก็ย่อมทำให้สะอาดปลอดภัย และทำให้การร่วมรักนั้นมีความสุขสมมากขึ้น
 

จำไว้ว่า “ความสะอาดเป็นหัวใจสำคัญของการรักษาสุขอนามัยของอวัยวะเพศชาย “